Um homem, de nome Danzou, era um dos possíveis candidatos à Hokage na época das Grandes Guerras Ninja Hokages, mas Sarutobi foi escolhido como Hokage, o que desagradou Danzou. Desde então ele começou a criticar a maioria das ações do Hokage, já que suas idéias eram diferentes das do Sandaime Hokage. Enquanto o este era pacifista e calmo, aquele era um militar linha dura, que queria mostrar sua hegemonia por meio de guerras. Para atrapalhar mais a vida de seu inimigo, Danzou, respeitado e um dos líderes da ANBU, criou a ANBU Raíz (ANBU NE). O nome é uma metáfora: a grande árvore (o vilarejo de Konoha, que significa folha), tem várias folhas (ninjas), e essa organização trabalha embaixo da árvore, a raíz da arvore. Ele juntou ninjas jovens, fortes, sendo tudo ultra-confidencial. Eles fizeram missões, só que depois de algum tempo essa organização deixou de existir, ou foi assim que pensou Sarutobi. Danzou continuou seus planos. Com a morte do Hokage, ele esperava assumir o posto. O conselho, porém, apontou Jiraya, que não quis e apontou Tsunade. Ela voltou para Konoha e virou a nova Hokage. Danzou ficou nervoso com ela lá: era neta do primeiro Hokage e aluna do Sarutobi, e como tal agia que nem os dois. Danzou treinou um garoto de nome desconhecido (que para essa missão ganhou o nome Sai) para que ele não tivesse sentimentos e estivesse pronto para a maior missão dele, a mais importante. Danzou colocou Sai no time Kakashi, junto com o jinchuuriki da Kyuubi, Uzumaki Naruto, na missão de pegar e levar para Konoha o espião que Sasori (da Akatsuki) colocou infiltrado no Orochimaru. Assim começou a missão de Sai, observando a luta de Uzumaki Naruto e Orochimaru. Quando ela acabou, Sai se aproximou de Orochimaru com uma mensagem. Assim que leu a mensagem, Orochimaru disse que Sai pode ir com ele. O objetivo de Danzou é a destruição de Konoha, sendo um de seus principais movimentos a aliança com Orochimaru.Tendo como verdadeira missão matar o Uchiha Sasuke que estava sendo treinado por Orochimaru. Sai mudou sua missão após um belo discurso de Naruto sobre amizade como tinha por Sasuke e sua intenção de trazê-lo de volta a Konoha. Então Sai passa a ajudar o Naruto a trazer Sasuke de volta a Konoha.
Equipe Especial ANBU
A Elite ANBU é um grupo de elite de ninjas (alto nível) que pertencem a Vila da Folha (Konoha). Os membros da ANBU usam máscaras que se apresentam em formatos de animais da cultura japonesa, e são separados sempre em equipes de quatro, sendo um deles um shinobi médico. Possuem trabalhos variados: se encontram várias vezes com missões perigosas e mortais, aos quais podem ser tanto assassinatos como proteger alguém. A ANBU também é uma divisão especial designada à proteção real ao Hokage (incluindo missões para ele), como uma equipe protetora exclusiva. A ANBU já fez história com muitos membros famosos de grandes habilidades (mais abaixo informações dos mais famosos), mas atualmente somente a Rin (era do time do Kakashi, quando eram jovens) trabalha na ANBU. Além desses tipos de trabalhos, a ANBU possui três grupos de equipe específicos, que são:
Equipe Matadora: É a equipe que cuida, numa maneira generalizada, das missões de homicídio e assassinatos.
Ninjas Perseguidores: É a equipe que é encarregada de capturar os ninjas que escaparam da vila e matar eles, eliminando o cadáver e escondendo qualquer tipo de pista de sua existência, com o intuito de proteger as habilidades eventuais inerentes que o traidor possui e outros segredos.
Equipe Medicinal: A equipe é composta por ninjas preparados na área de medicina, conhecem muitas técnicas com o intuito de curar os feridos e isso geralmente vem como um “suporte das missões”. Mas isso não quer dizer que a equipe medicinal não sabe se defender
